La Commissione è composta da due Delegazioni, ciascuna designata dal rispettivo Governo. Ciascuna Delegazione ha un Capo Delegazione che assume alternativamente, per la durata di un biennio, la Presidenza della Commissione. La Commissione, per lo studio dei problemi scientifici e tecnici, si avvale di una Sottocommissione, i cui membri, da essa nominati, sono designati dalle rispettive delegazioni. Il funzionamento amministrativo della Commissione viene assicurato da un segretariato amministrativo e da un segretariato tecnico.
La convenzione tra la Svizzera e l'Italia concernente la protezione delle acque italo-svizzere dall'inquinamento è stata conclusa il 20 aprile 1972. Approvata dall'Assemblea federale svizzera il 26 giugno 1973, è entrata in vigore con scambio di note il 7 agosto 1973 ed è stata Ratificata dalla Repubblica italiana con la legge 24 luglio 1978, n. 527 (G.U. n. 254 dell'11.9.1978) Con la predetta convenzione il Consiglio federale svizzero ed il Governo italiano hanno stabilito di collaborare strettamente per proteggere dall'inquinamento le acque superficiali e sotterranee italo-svizzere nella misura in cui queste contribuiscano ad inquinare le acque comuni sotto elencate: - Lago di Lugano (Ceresio) - Lago Maggiore (Verbano) - Corsi d'acqua che segnano il confine o lo attraversano, come in particolare la Doveria (VS-I), la Melezza (TI-I), la Giona (TI-I), la Tresa (TI-I), la Breggia (TI-I), la Mera (GR-I), il Poschiavino (GR-I) e lo Spöl (GR-I). A tal fine i Governi contraenti hanno istituito la Commissione mista per la protezione delle acque italo-svizzere dall'inquinamento.